Il Palazzo fu costruito nel 1159 su ordine della famiglia Caetani. I de’ Medici ne ordinarono poi la ricostruzione tra il 1583 e il 1587. Tra il XVII e il XIX secolo il Palazzo continuò ad essere la residenza del Granducato di Toscana. Dopo l’Unità d’Italia venne utilizzato anche dai Savoia. Oggi ospita il Museo nazionale di Palazzo Reale dove sono raccolte le opere delle famiglie che si sono succedute nel Palazzo.
Inaugurato nel marzo del 2000, il museo ha sede nell'ex officina attrezzeria, uno degli edifici più antichi e affascinanti del complesso industriale di Pontedera, dove l'azienda ha iniziato la sua produzione nei primi anni del '900. Questo spazio di archeologia industriale di circa 5.000 m² offre un contesto suggestivo per ripercorrere la storia di Piaggio e del suo territorio, intrecciata con la storia economica, di costume e dello sviluppo industriale italiano.
Il Museo Anatomico Veterinario nasce a Pisa nel 1839 insieme alla cattedra di Zooiatria aggregata alla Facoltà di Medicina e Chirurgia dell’Università di Pisa.
All'interno della Scuola Medica di Pisa, in via Roma, si trovano due importanti musei:Museo di Anatomia Umana "Filippo Civinini e Museo di Anatomia Patologica e Paleopatologia.Entrambi i musei rivestono una grande importanza storica e didattica. Essi offrono una testimonianza dell'evoluzione degli studi anatomici e patologici nel corso dei secoli, fornendo un importante strumento per la ricerca e la didattica. Le collezioni, con reperti unici e di grande valore scientifico, permettono di approfondire la conoscenza del corpo umano e delle sue patologie.
Le Collezioni Egittologiche dell'Università di Pisa, situate in Via San Frediano 12, rappresentano un piccolo ma prezioso tesoro per gli appassionati di storia e archeologia egizia. Pur essendo meno conosciute rispetto ad altri musei pisani, offrono una collezione di reperti di notevole valore scientifico.
La raccolta della Gipsoteca di Arte Antica, tra le prime italiane, prende avvio nel 1887 su iniziativa di Gherardo Ghirardini che si ispirò al modello dell’archeologia germanica. La collezione offre oggi una sintesi delle opere più note e significative dell’arte greca, etrusca e romana, accanto ad esemplari meno noti o inediti, e piccoli manufatti plastici: riproduzioni fedeli di opere antiche conservate in differenti musei nazionali ed esteri, in qualche caso perdute e, talvolta, versioni particolari frutto di restauri storici o ricostruzioni appositamente realizzate a Pisa in base a nuove proposte interpretative. La Gipsoteca ospita oggi anche la collezione dell’Antiquarium di archeologia classica e le Collezioni Paletnologiche.
L’Ospedale di Santa Chiara, o Spedale nuovo di Santo Spirito, nasce per volere di papa Alessandro IV che, attraverso una bolla papale del 1258, impose alcune condizioni con il fine di ritirare la scomunica che incombeva sulla città dal 1241. Fu per Pisa il punto di inizio del rinomato sistema sanitario locale e oggi, nella sua parte più antica, ospita il Museo delle Sinopie del Campo Santo. Le sinopie sono i disegni preparatori degli affreschi, realizzati con polvere rossa proveniente da Sinope, città turca sul Mar Nero.
La Domus Galilaeana è una fondazione culturale di Pisa dedicata alla promozione degli studi sulla vita e le opere di Galileo Galilei e sulla storia della scienza in generale. Si trova in Via Santa Maria 26, in un edificio storico che ha ospitato diverse istituzioni scientifiche nel corso dei secoli.
Il museo delle navi antiche di Pisa è un museo archeologico di Pisa facente parte della Direzione regionale musei della Toscana. L'esposizione si svolge all'interno delle sale e delle campate degli Arsenali medicei ed è articolata in otto sezioni. Espone le navi antiche e i reperti scoperte nel 1998
Il Museo di Storia Naturale dell'Università di Pisa, situato a Calci, è uno dei musei di storia naturale più antichi e importanti al mondo. La sua storia affonda le radici nel XVI secolo, quando il Granduca Ferdinando I de' Medici istituì una "camera delle meraviglie" annessa al Giardino dei Semplici (l'attuale Orto Botanico di Pisa). Nel corso dei secoli, il museo si è arricchito di collezioni sempre più vaste e diversificate, fino a diventare l'istituzione che conosciamo oggi.