Il Palazzo Blu spicca tra tutti gli altri edifici per il suo caratteristico color azzurro accesso. Si tratta di un Museo gestito dalla Fondazione di Pisa che ospita molte mostre temporanee. Lo scopo della fondazione è quello di arricchire l’offerta culturale della città offrendo a turisti e locali diverse attività di apprendimento.
Tra i posti da visitare a Pisa non possono mancare i due Arsenali sul Lungarno. Gli Arsenali Repubblicani sono i più antichi ed erano dedicati alla produzione e alla riparazione delle galee. Gli Arsenali Medicei, invece, vennero costruiti su ordine di Cosimo I de’ Medici il quale, per costruire le galere, le grandi navi da guerra della flotta medicea. L’arsenale rimase attivo fino allo scoppio della Seconda Guerra Mondiale, quando fu gravemente danneggiato dai bombardato. Oggi gli Arsenali Medicei ospitano temporaneamente una mostra sulle antiche navi romane rinvenute nel 1998 durante i lavori presso la stazione di Pisa San Rossore.
Il Museo Anatomico Veterinario nasce a Pisa nel 1839 insieme alla cattedra di Zooiatria aggregata alla Facoltà di Medicina e Chirurgia dell’Università di Pisa.
Ospitato nel Palazzo del Podestà, il museo raccoglie una vasta collezione di opere d'arte, tra cui sculture in marmo e reperti archeologici.
Palazzo Pretorio è sede del Comune, è un edificio medievale con una facciata decorata con affreschi.
Le Collezioni Egittologiche dell'Università di Pisa, situate in Via San Frediano 12, rappresentano un piccolo ma prezioso tesoro per gli appassionati di storia e archeologia egizia. Pur essendo meno conosciute rispetto ad altri musei pisani, offrono una collezione di reperti di notevole valore scientifico.
La Casa Museo di Giuseppe Toniolo a Pisa è un luogo dedicato alla memoria e all'opera di Giuseppe Toniolo, un importante economista, sociologo e pensatore cattolico italiano, considerato un precursore della Dottrina Sociale della Chiesa.
La Chiesa di Santa Maria della Spina è un piccolo gioiello di architettura gotica pisana, situata sul Lungarno Gambacorti a Pisa, sulla sponda sinistra dell'Arno. Nonostante le sue dimensioni contenute, questa chiesa è un esempio straordinario di arte e storia, offrendo un contrasto affascinante con la grandiosità di Piazza dei Miracoli.
Il Museo è situato all'interno di un'antica casa-torre, questo museo ospita una ricca collezione di opere d'arte del XX e XXI secolo, con un focus sull'arte italiana e toscana.
Il Museo ebraico Yeshivà Marini si trova a Livorno, in via Micali, ed è ospitato nell'oratorio ottocentesco di una palazzina neoclassica. È stato inaugurato nel 1992 e offre una documentazione sulle persecuzioni nazifasciste attuate dopo l'emanazione delle leggi razziali, affiancata da un'esposizione degli oggetti d'arte sacra provenienti dalla Sinagoga.